洁净手术室的原理与普通洁净室大致相同，可以参考普通洁净室的概念，但是普通洁净室主要关注粒子而洁净手术室主要关注的是细菌与病毒。

国际标准化组织（IS0）的14644-1标准对洁净室是这样说明的：该洁净室的悬浮粒子浓度受控，其建造和使用方式是使进入、产生、滞留于室内的粒子较少；室内其他参数，比如温度、湿度、气压、按需要受控。该定义的前半部分基本上说明什么是洁净，这是一个使粒子的进入、产生、滞留较少化的房间。要实现这一点，首先，要对较大量的送风经高效过滤器过滤。这种送风的目的在于：（1）稀释并*室内人员和设备散发出的粒子和细菌；（2）向房间加压，确保脏空气不会流入洁净室。其次，洁净室的建筑材料不产生粒子且便于清洁。最后，洁净室人员使用服装罩住身体，使他们散发的粒子和微生物较少。这些措施及其他使用洁净室引入、产生、滞留的污染降至较少的类拟措施。洁净室还可以控制温度、湿度、声音、照明、振动。

洁净空气处理：室外新风经过初效段、混合室内回风，再经中效段、高效段过滤后送入洁净室，在一定的换气次数下达到控制空气中微粒数量的目的。空气还可以进行加热、制冷、加湿、除湿、杀菌等各种处理，获得恒温恒湿与无菌的状态。根据洁净级别的高低，室内气流的组织方式可以为层流、混合流及乱流。